初期研修終了後３年間の研修期間を提供する。初年度は大学病院で関連する科（糖尿病、膠原病、循環器）を含めた内科研修と透析室を主とした血液浄化療法研修を行い、２年目は腎臓内科研修を受ける。３年目は３－６ヶ月を１単位として、個々の希望にもとづいて腎病理、腎移植、腎炎、血液浄化、アクセス手術の各分野を適した施設を指定して研修を行う。この場合、研修期間は本人の希望と対象施設との相談で決める。研修希望者は１・２年目の研修施設をあらかじめ指定する必要があるが、３年目の希望先は２年目９月までに申告すればよい。大学を主たる研修場所にすることにより、全身疾患を含めた広範な知識を身につけた腎臓内科専門医を育成する。さらに、コース終了時に腎臓内科および透析療法専門医資格を得る。コース終了後には、大学院への進学、あるいは高度専門医を追求するキャリアパスを準備し、将来の多様な人材養成に対応する。

申請校である京都大学腎臓内科では、一次性腎疾患のほか、大学の特徴である希少疾患や二次性疾患が経験できるほか、特殊治療を含めたすべての血液浄化療法を経験できる。これまで腎臓内科専門医および透析専門医を多く養成してきた。また各関連施設ではそれぞれの特性を生かした専門治療、技術の研修が行われてきた。

大学病院、各関連病院には複数の指導医がおり、腎臓内科全般にわたって指導可能な体制ができている。大学では腎疾患、病理医を交えた腎病理、腎移植病理、血液浄化療法の各カンファレンスが定期的に行われており、幅広い知識技術が習得できる環境にある。