腎臓専門医および透析療法専門医となるのに必要な３年間の研修期間を提供する。初年度は大学病院で内科研修と腎臓内科総合研修を行い、２年目はマグネット病院において腎臓内科総合研修を受ける。３年目は３ヶ月を１単位として不十分な分野あるいは興味をもった分野を各指定施設にて研修する。研修希望者は１年目・２年目の研修施設をあらかじめ指定する必要があるが、３年目の希望先は２年目９月までに申告する。これら施設間での修錬医の流動性を保つことによって実践的な専門性を身につけた腎臓内科専門医を育成する。さらに、コース終了時に専門医資格取得要件の充足を確保する。コース終了後には、大学院への進学、あるいは高度専門医を追求するキャリアパスを準備し、将来の多様な人材養成に対応する。

申請校である京都大学腎臓内科では、一次性腎疾患のほか、大学の特徴である希少疾患や二次性疾患が経験できるほか、特殊治療を含めたすべての血液浄化療法を経験できる。これまで腎臓内科専門医および透析専門医を多く養成してきた。また各関連施設ではそれぞれの特性を生かした専門治療、技術の研修が行われてきた。

大学病院、各関連病院には複数の指導医がおり、腎臓内科全般にわたって指導可能な体制ができている。大学では腎疾患、病理医を交えた腎病理、腎移植病理、血液浄化療法の各カンファレンスが定期的に行われており幅広い知識と技術が習得できる環境にある。