呼吸器科専門医となるのに必要な３年間の研修期間を提供する。初年度はマグネット病院で内科研修と呼吸器総合研修を行い、２年目は大学病院において呼吸器総合研修を受ける。３年目は亜分野を各指定施設にて重点研修する（場合により、数か月を１単位として複数の亜分野を研修することも考慮される）。これら施設間での流動性を保つことによって実践的かつ学際的な専門性を身につけた呼吸器科専門医を育成する。コース終了後には、大学院への進学、あるいは高度専門医を追求するキャリアパスを準備し、将来の多様な人材養成に対応する。

コース名：呼吸器内科混合（マグネット病院始点）コース 大学病院・ 医療機関名 診療科名 専門分野名 指導者数 目　 的 養成(受入)人数 期 間 京都大学 呼吸器内科 呼吸器内科 14 呼吸器総合診療、亜分野(呼吸器感染症、喘息・COPD、呼吸管理) 2 1-2年 福井大学 呼吸器内科 呼吸器内科 6 呼吸器総合診療、亜分野（呼吸管理） 1 1-2年 滋賀医科大学 呼吸循環器内科 呼吸器内科 6 呼吸器総合診療、亜分野（喘息・COPD、びまん性肺疾患） 1 1-2年 関西医科大学 第１内科 呼吸器内科 6 呼吸器総合診療、亜分野（喘息・COPD） 1 1-2年 香川大学 内分泌代謝・血液・免疫・呼吸器内科 呼吸器内科 5 呼吸器総合診療、亜分野（呼吸器腫瘍） 1 1-2年 神戸大学 循環呼吸器内科 呼吸器内科 6 呼吸器総合診療、亜分野（喘息・COPD、呼吸器腫瘍） 1 1-2年 京都医療センター 呼吸器内科 呼吸器内科 3 呼吸器総合診療・亜分野（呼吸器腫瘍、喘息・COPD） 1 1-2年 大津赤十字病院 呼吸器内科 呼吸器内科 2 呼吸器総合診療・亜分野（喘息・COPD） 1 1-2年 滋賀県立成人病センター 呼吸器科 呼吸器内科 2 呼吸器総合診療・亜分野（呼吸器腫瘍） 1 1-2年 神戸市立医療センター中央市民病院 呼吸器内科 呼吸器内科 4 呼吸器総合診療・亜分野（呼吸器腫瘍、びまん性肺疾患、呼吸管理・睡眠呼吸障害） 1 1-2年 西神戸医療センター 呼吸器内科 呼吸器内科 5 呼吸器総合診療・亜分野（呼吸器感染症、喘息・COPD） 1 1-2年 倉敷中央病院 呼吸器内科 呼吸器内科 5 呼吸器総合診療・亜分野（呼吸器感染症、呼吸器腫瘍） 1 1-2年 大阪赤十字病院 呼吸器内科 呼吸器内科 7 呼吸器総合診療・亜分野（呼吸器感染症、喘息・COPD） 1 1-2年 北野病院 呼吸器内科 呼吸器内科 4 呼吸器総合診療・亜分野（びまん性肺疾患、呼吸管理・睡眠呼吸障害） 1 1-2年 天理よろづ相談所病院 呼吸器内科 呼吸器内科 7 呼吸器総合診療・亜分野（びまん性肺疾患） 1 1-2年 福井赤十字病院 呼吸器科 呼吸器内科 4 呼吸器総合診療・亜分野（喘息・COPD） 1 1-2年       受入人数 17

平成１８年に５０病院と連携して、呼吸器内科医療推進のためのNPO法人を設立し、その事業の一環として、若手医師養成プログラムを手がけており、専門修練医育成を重要な柱としている。大学・各関連病院間で、数ヶ月の短期交換研修を行うなどの組織化をすすめ、専門修練医の育成を手がけている。他大学においても、専門修錬医を育成する充実したシステムをもち、各大学のプログラムを統合することで充実したコース運営を図る。

大学における指導教員はすべて呼吸器指導医の資格を有しており、また関連病院には２～３名以上の呼吸器指導医の資格を有するものがいる。さらに、気管支鏡・胸腔ドレナージなどの熟練を要する処置に率先してあたらせるなど、質および量の両面で充足した臨床研修を担保する。また、２年目に中間評価、３年目に修了認定を行うことで、研修内容に偏りのないよう配慮する。